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省局内设机构:
办公室:
负责综合协调省局机关日常工作；督促检查工作部署的贯彻落实；负责起草省局工作计划和工作报告；负责文电、会务、宣传、信息、档案、机要、保密、信访、印信和保卫等工作；负责机关后勤服务工作。
人事处:
负责全省水文系统机构编制、干部人事、劳动工资、保险福利、专业技术职称评聘、工人技术等级考评以及人事档案管理工作；负责职工继续教育和岗位培训以及人才开发与管理，指导全省水文行业职工队伍建设；负责离退休人员管理工作。
计划财务处:
负责协调全省水文事业发展规划和年度计划以及专项规划的编制工作；负责组织协调基础设施建设前期工作；负责办理项目申请、审批和招标工作，并负责年度计划的编制、上报和下达；负责部门预算编制以及年度收支决算；负责财务、统计、国有资产的管理；负责内部审计和省局机关财务工作。
站网处:
负责全省水文测验、资料整编的技术指导及水文资料的复审、验收、汇总和审定；负责测验设施设备建设工程立项的审查工作；负责水文站网规划、调整和管理以及网点建设项目管理、实施和竣工验收工作；负责站队结合、水文巡测方案编制和技术管理工作；负责水文水行政执法工作；负责跨界河流和用河行为的水文技术审查工作；指导墒情站网规划、建设与管理。
水情处:
负责全省水文情报信息处理和水情预报工作，参与防洪会商和防洪调度；负责报汛站网规划、调整和管理；负责编制报汛计划，下达报汛任务；负责提供防汛水文情报、预报及水情分析成果；负责水文预报方案的编制和报批；负责水情信息计算机网络、水情信息应用系统和报汛通信网络的设计、建设和管理。
水资源处:
负责实施最严格水资源管理制度相关工作；组织编制《吉林省水资源公报》、《吉林省地下水通报》、《吉林省水资源管理年报》、《吉林省地下水动态简报》；负责地下水站网规划和管理；负责地下水动态监测管理和资料整编工作。
水环境监测处:
负责从事水环境监测工作的资格审查；在水资源管理和?；ぶ?，归口管理对水质的监测、评价和审查；承担水生态监测、水环境监测与评价工作，编发《吉林省重点水域水质通报》；负责水质站网的规划、调整及水质监测仪器、设备的配备和管理；负责水质资料的整编管理、审查和汇编工作；负责实施最严格水资源管理制度相关工作；负责吉林省水环境监测中心的业务工作。
信息化处:
负责计算机网络的规划、建设和管理；负责水文数据库建设和管理；负责办公自动化的网络技术支撑；负责全省水文系统的基建、科研成果、水文资料及省局机关文秘、财会档案的归档、立卷及管理工作；负责水文信息网站的信息上传、后台管理工作。
科学技术处:
负责编制全省水文科技发展规划；负责全省水文科技项目的立项、申报、成果验收、等级及报奖；负责组织水文新技术、新仪器的研究、引进、推广与应用；负责水利协会下设的水文、地下水和水环境专业委员会的学术交流及日常管理。
安全监督管理处:
负责制定安全生产规章制度并监督检查；负责指导安全生产责任制的建立并监督实施；负责水文建设项目的安全监督工作。
直属机关党委:
负责省局机关并指导全省水文系统党务工作；负责思想政治工作和精神文明建设；负责党纪、政纪教育和党的纪律检查；负责党风廉政教育和廉政建设；负责指导全省水文系统共青团、工会、妇委会和扶贫工作。
直属单位:
长春分局 吉林分局 延边分局 四平分局 通化分局 白城分局 辽源分局 松原分局 白山分局 墒情监测中心
